Description

Je propose des prestations en analyse d’images appliquée à la microscopie et à l’imagerie biologique, ainsi qu’en production de figures scientifiques publication-ready.

Docteur en microbiologie (spécialisé en mycologie), j’ai développé au cours de ma thèse une expérience en analyse quantitative d’images, en traitement de signaux (notamment à l’aide de Python et FIJI/ImageJ) et en production de figures scientifiques.

Je peux intervenir sur différents types de besoins :

production de figures scientifiques HD sous Python en respectant les exigences des éditeurs
audit critique de figures avant soumission d’articles scientifiques
mise en page de posters scientifiques
analyses quantitatives à partir d’images
écriture de macros FIJI/ImageJ
développement d'analyses d'images sous Python
évaluation de la faisabilité d’un projet d’analyse d’images et production de résultats préliminaires

Que vous soyez en phase exploratoire, pour évaluer la faisabilité ou mettre en place une chaîne d’analyse sous FIJI ou Python, ou en fin de projet, pour produire des figures conformes aux exigences éditoriales, n’hésitez pas à me contacter.

En parallèle, j’interviens en tant que conférencier lors d’événements destinés au grand public. Je propose des conférences sur les champignons, de leur biologie aux dynamiques sanitaires, culturelles et anthropologiques qui leur sont associées, à destination de musées, bibliothèques, entreprises, écoles et universités.

Domaines d’expertise

Langues

Français
Bilingue ou natif
Anglais
Capacité professionnelle complète

Préférences en matière de lieu de travail

Accepte de travailler sur site

Lyon (jusqu’à 10 km)

Laboratoire de Microbiologie Adaptation et Pathogénie
Thèse en microbiologie
CENTRES DE RECHERCHE
janvier 2021 - décembre 2024 (3 ans et 11 mois)
France
Thèse de doctorat portant sur le rôle des vésicules de sécrétion dans l’élongation des hyphes et les mécanismes de virulence du champignon phytopathogène Botrytis cinerea. Mon travail a combiné des approches expérimentales et d’analyse de données pour (i) caractériser le contenu protéique de ces vésicules via des stratégies d’enrichissement et de protéomique, et (ii) analyser leurs dynamiques spatio-temporelles grâce à l’imagerie confocale et au développement de pipelines d’analyse d’images et de signaux (FIJI/ImageJ, Python).
Analyse d'images Python FIJI/ImageJ article scientifique publications scientifiques
Bayer CropScience
Stage en laboratoire de recherche
CENTRES DE RECHERCHE
janvier 2021 - juin 2021 (5 mois)
Lyon, France
Développement de protocoles expérimentaux pour mesurer la sensibilité de souches fongiques à différents stress de la paroi cellulaire.
INSA Lyon
Vacataire d'enseignement
EDUCATION & E-LEARNING
septembre 2021 - août 2023 (1 an et 11 mois)
France
Encadrement d’étudiants en travaux pratiques, participation à la conception de supports pédagogiques (fascicules de TP, présentations) et contribution à l’évaluation des connaissances (rédaction et correction d’examens).
Enseignement supérieur Création de supports pédagogiques Microbiologie Conception pédagogique Biochimie