À propos de Emilie
Avec une formation initiale et une thèse en agronomie, complétée d’une expérience de 7 ans en biologie marine, je vous propose de réaliser l’analyse de vos données biologiques et/ou génomiques sur l’un de ces 2 domaines. Je peux aussi vous accompagner pour la gestion de votre projet scientifique, depuis l’organisation de la partie expérimentale (au laboratoire, en expédition) jusqu’à la coordination des travaux avec vos partenaires.
Bioinformatique:
Assemblage de novo
Mapping
Annotation fonctionnelle et structurale
Comparaison de génomes
Analyse transcriptomique et expression différentielle
Analyse de métagénome
Analyses phylogénétiques
Analyse de données de métagénétique/metabarcoding
Biostatistiques:
Bio-curation (filtrage de données biologiques)
Récupération de données complémentaires disponibles sur des bases de données scientifiques
Elaboration de bases de données privées
Analyse statistique de données biologiques
Analyses statistiques médicales (diplômée CESAM de Sorbonne Université)
Quelque soit votre projet, qu'il soit bien délimité ou encore un peu flou, rencontrons nous pour que vous puissiez m'expliquer quelles sont les questions que vous souhaitez poser à votre jeu de données. Je vous formulerai alors un cahier des charges avec un planning prévisionnel et un devis détaillé.
A l'issu du contrat, en plus du résultat des analyses et éventuellement de figures, je vous fournirai un compte-rendu écrit (en anglais ou en français) avec un paragraphe Matériel & Méthode à associer à votre future publication.
Partout en France, je me déplace à votre rencontre pour le démarrage du projet et je peux également venir en personne pour le compte-rendu de fin de projet. Entre temps, nous aurons des échanges réguliers sur les avancées de votre projet.
Français
Bilingue ou natif
Anglais
Capacité professionnelle complète
En télétravail uniquement
Travaille majoritairement à distance
Expériences
- CNRSData analyst - BioinformaticienneCENTRES DE RECHERCHEjuin 2016 - juin 2018 (2 ans)Roscoff, FranceDans le cadre du projet ANR IMPEKAB, j'ai coordonné la mise en place d'une essai au laboratoire sur des collodaires, un groupe de zooplancton symbiotique et colonial. Il s'agissait de tester leur réponse au stress thermique en étudiant à la fois leur physiologie et l'expression de gènes.
- CNRSData analyst - BioinformaticienneCENTRES DE RECHERCHEjuin 2012 - mai 2016 (4 ans)Marseille, FranceScientifique associée à l'expédition Tara Oceans, ma spécificité était d'intégrer les différents types de données récoltées (métagenomique, imagerie, physico-chimique) pour répondre à des questions écologiques. J'ai travaillé sur 4 grands projets: 1. Les turbulences du courant des Aiguilles 2. La fertilisation autour des îles Marquises 3. Les virus géants marins (projet européen MicroB3) 4. Un site web regroupant les données de Tara Océans (Ocean Gene Atlas).
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Formations
- Doctorat de Science environnementalesUniversite de Bordeaux2011Au cours de ma thèse, j'ai poursuivi une expérimentation que j'avais mis précédemment en place au Congo (mesures de physiologie végétales, prélèvement, entretien du dispositif). La 1ère année j'ai surtout travaillé au laboratoire de biologie moléculaire (clonage-séquençage, RT-qPCR et design de librairies RNA-Seq). Les 2 années suivantes ont été consacrées à l'analyse de données moléculaires obtenues au laboratoire et les données phénotypiques obtenues au champ ou chez nos partenaires (metabolomique, protéomique). C'est à ce moment là que j'ai commencé à travailler sous R.
- Master Génétique et Gestion de la BiodiversitéUniversité Pierre et Marie Curie2005