À propos de Julie
Vous avez des données complexes, je vous aide à en extraire des résultats exploitables.
Avec 15 ans d’expérience en data science et ingénieries appliquée aux sciences du vivant, je peux vous aider pour :
✅ Conseiller et/ou former vos équipes
✅ Réaliser vos analyses de données
✅ Automatiser vos process → Gagnez du temps et sécurisez vos analyses
✅ Transformer vos données en décisions R&D ou publications
Techniques & outils : Python | R | Bash | Workflow manager | HPC | Linux | Cloud AWS / Azure
Réalisations récentes :
- Métagénomique de sols extrêmes → Scientific Reports 2025 [nature.com/articles/s41598-025-94915-0]
- Pipelines automatisés d’analyse NGS pour projets en Oncologie → Nature Comm. 2021, Nature Comm. 2022, BioRxiv 2024
- Transcriptomique et conservation post-récolte → Postharvest Biology and Technology 2019, Acta Horticulturae 2023
Workflows open-source :
- RIBOSMK | Ribosome profiling [gitlab.com/RipollJ/ribosome_profiling]
- ALTSPLICE | Alternative splicing [gitlab.com/RipollJ/altsplice]
- TRAIN | Translatome regulations [github.com/Translatome/TRAIN]
Valeur ajoutée :
- Expertise scientifique + capacité de vulgarisation
- Gestion de projets, communication interdisciplinaire
- Expérience en formation, encadrement, organisation de congrès
- Adaptabilité → projets biotech, santé, environnement, IA
Mon objectif : Faire gagner du temps à vos équipes, fiabiliser vos analyses et accélérer vos projets.
Contactez-moi si vous cherchez un renfort agile, fiable et efficace !
Français
Bilingue ou natif
Anglais
Capacité professionnelle complète
Accepte de travailler sur site
Montpellier (jusqu’à 50 km)
Expériences
- DatavivoExpert Data Scientist & Engineeringjuillet 2025 - Aujourd'hui (11 mois)Montpellier, FrancePrestations proposées :
- Analyses de données avec rapports détaillés
- Analyses bioinformatiques avec rapports détaillés
- Développement de pipelines d'analyse de données automatisés et reproductibles (Snakemake / Nextflow / MLflow / QIIME2 / Shell)
- Optimisation de code pour scalabilité
- Conseil scientifique & Aide à la rédaction d'articles
- ITKData ScientistAGROALIMENTAIREseptembre 2025 - janvier 2026 (4 mois)Montpellier, FranceContextePrédiction de rendement pour une coopérative agricole américaineImpact- +30% de données- +5% de performanceMissions- Exploration de données- Analyse de données climatiques et pédologiques- Analyses statistiques- Machine learning (RF, SVM, clustering)- Optimisation et maintenance du code pour une évolutivité durableTechs- Conda, Docker, CI/CD, Git, Pycharm- Python, Pandas, Scikit-learn, Numpy, Matplotlib, Seaborn, Scipy
- LIRMMChercheuse Informatique – Data Science & EngineeringSECTEUR PUBLIC & COLLECTIVITÉSjanvier 2019 - octobre 2023 (4 ans et 9 mois)Montpellier, FranceContexteGestion de projet et Analyse de Données NGS pour 8 projets R&D appliqués à l’oncologieRNA-seq, RIBO-seq, m6A-seq, altSplice, POL-seq, scRNA-seqImpactPublications des méthodes développées et des résultats obtenus dans Nature CommunicationsMissions
- Gestion de données Big data
- Travail sur cluster de calculs en environnement HPC
- Développement et exécution de pipelines d’analyses NGS
- Amélioration d’outils Java existants pour leur mise en accès libre
- Analyse de données de séries temporelles
- Analyses statistiques: Statistical learning, Machine Learning, Deep learning
- Développement de nouvelles formes de visualisations
- Modélisation bayésienne et Monte Carlo
- Participation à l’animation de l’équipe
- Formation de stagiaires et d’une ingénieure
- Communications et rédaction de documents techniques
- Organisation de formations autour des gestionnaires de workflow, les bonnes pratiques de code et la programmation en Python
Techs- HPC: Slurm, Qsub, Tmux
- Snakemake, Conda, Docker, CI/CD, Git
- Python, Pandas, Scikit-learn, Numpy, Matplotlib, Seaborn
- R, DESeq2, kissDE, ggplot2, Seurat, STARsolo, STAR, etc
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