À propos de Olivier
I am a Bioinformatician / Python dev / Data engineer, with a solid hands-on experience in cloud computing in AWS.
Searching for a bioinformatician to build robust, scalable pipelines in a few days?
As a Nextflow expert, I can leverage the most update-to-date Data / Cloud stacks to speed up your bioinformatics workflows and implement solid testing and deployment.
As a former PhD / Post-doc in wet lab biology, I am not only doing computer science for biology. I do understand the needs of biologists and I can leverage my developer skills to build ready to use web applications.
Technical skills:
- Bioinformatics: Nextflow (expert), genomics, transcriptomics, metagenomics, Galaxy (local implementation and administration of a Galaxy instance), Benchling, ImageJ
- Full-fledged general Python developer
- Data engineering: Polars, Pandas, AWS ECS / Batch / Glue, Airbyte, Dbt, Airflow
- AWS: IAM, EC2, S3, ECR, DynamoDB, ParallelCluster, StepFunctions
- Cloud: Terraform
- Dataviz: Dash plotly (very experienced, multiple apps déployed in production), MultiQC, matplotlib
- Devops: Docker, micromamba, Gitlab
- Warehouse: Postgres, Redshift
- Web: Dash (Flask), FastAPI, Celery, Django
- Experienced R developer
Reach out so we can discuss on your needs and on how we can collaborate to meet your objectives!
Français
Bilingue ou natif
Anglais
Capacité professionnelle complète
Accepte de travailler sur site
Paris (jusqu’à 30 km)
Expériences
- EGCE (CNRS)Post-doctoral researcherCENTRES DE RECHERCHEmai 2025 - Aujourd'hui (1 an et 1 mois)Gif-sur-Yvette, FranceChromosome-level assembly of a large insect genome with high repeat content.Multiple Nextflow pipelines created for various projects.
- CenareoSoftware / Data engineerEDITION DE LOGICIELSoctobre 2024 - Aujourd'hui (1 an et 7 mois)Toulouse, FranceConstruction de processus ETL pour récupérer des données média d'utilisateurs depuis leurs comptes de réseaux sociaux. Intégration dans une app Django
- Micropep TechnologiesBioinformatician & Data Engineerjuillet 2021 - septembre 2024 (3 ans et 3 mois)Auzeville-Tolosane, FranceBio-informatician dedicated to finding the best targets for peptide molecules. Development of pipelines in AWS, management of SQL databases, setup of ETL workflows.
Avis
Anne-Camille
Head of computational biology - Generare
Avis laissé le 29.12.2025
Nous avons sollicité Olivier pour une PoC liée à une stack technique courante en bioinfo mais rare dans d'autres domaines data afin d'explorer différentes solutions de déploiements Cloud, avec une emphase particulière sur la capacité à scale. Olivier a parfaitement compris nos attentes et a réussi à livrer des résultats exploitables dans les temps. Notre point de contact a eu une indisponibilité imprévue mais ça n'a pas impacté la qualité du travail d'Olivier, ce qui témoigne de son sérieux et de son autonomie.
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Formations
- DoctoratUniversité Paris-Saclay2018Thèse à l'INRAE de Versailles en biologie végétale
- IngénieurEcole Polytechnique2015Biologie, physique, informatique, mathématiques
Compétences
Catégories
- Autre